Το Αρχαιολογικό Μουσείο Σάμου φιλοξενεί πολύ σημαντικά εκθέματα από την εξαιρετικά πλούσια ιστορία του νησιού. Σημείο αναφοράς βέβαια του μουσείου είναι ο Κούρος της Σάμου, το μεγαλύτερο (ύψους 5μ.) σωζόμενο αρχαϊκό άγαλμα της Ελλάδας.

Πολύ σημαντικό, επίσης, είναι το Αρχαιολογικό Μουσείο Πυθαγορείου. Με ιδιαίτερα πλούσια συλλογή εκθεμάτων από την Αρχαϊκή εποχή μέχρι και τους Ρωμαϊκούς χρόνους.

Το Εκκλησιαστικό & Βυζαντινό Μουσείο Σάμου βρίσκεται στην πόλη της Σάμου και φιλοξενεί σημαντικά τεκμήρια του θρησκευτικού πολιτισμού του νησιού.

Στο Μουσείο Πύργου Λογοθέτη, στο Πυθαγόρειο, ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να δει ευρήματα από την περιοχή του Κάστρου Πυθαγορείου, της μεσαιωνικής πρωτεύουσας του νησιού.

Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Αιγαίου βρίσκεται στο γραφικό χωριό Μυτιληνιοί και αποτελεί έναν ιδιαίτερο χώρο, όπου με γλαφυρό τρόπο παρουσιάζεται ο φυσικός πλούτος του Ανατολικού Αιγαίου και μάλιστα της Σάμου. Ένα αληθινά θαυμάσιο μουσείο του είδους του.

Άλλα ενδιαφέροντα θεματολογικά μουσεία του νησιού είναι το όμορφο Μουσείο Σαμιακού Οίνου και το Μουσείο Βυρσοδεψίας Καρλοβασίου.

Λαογραφικά μουσεία θα συναντήσετε στον Παγώνδα, στα Κουμέϊκα, στο Καρλόβασι και στο Πυθαγόρειο, το εξαιρετικό μουσείο του Πνευματικού Ιδρύματος Σάμου.